Diğer bir yandan da Türkiye 1984 yılından beri yaklaşık 40 000 yurttaşının hayatına malolan bir PKK terör problemi ile beraber yaşıyordu. Bu problem ise hem Türk toplumuna ve hem de Türk ?Alman ilişkilerine sürekli artan bir yük getirmekteydi. Sovyetler Birliğinin dağılması Avrupa ile olan ilişkilerde Türkiye´nin yararına olmadı ve bu durum Avrupa ile olan ilişkilerde bir durgunluğa yol açtı. Kendisini Avrupa´lı bir devlet olarak tanımlayan Türkiye´ye karşı Sovyetler Birliği var olduğu sürece Avrupa´dan bir itiraz gelmedi. Aralık 1989 yılında Avrupa topluluğunun Türkiye´nin tam üyelik için yaptığı müracatına ret cevabını vermesi dış politika alanında Türkiye´de hayal kırıklığı yarattı. Maastricht anlaşması ise Türkiye´yi Avrupa´nın kenarında bir devlet haline getirdi. Doksanlı yıllar boyunca her iki ülke arasında ilişkilere zarar veren bitmeyen bir tartışma yürütüldü. Bütün politik sorunlar bu konu etrafında döndü. Bu problem PKK sorunu ve buna karşı Alman tavrı idi. İlişkileri belirleyen esas faktör ise Almanya´nın PKK´ya yönelik olan bakış açısı ve tavrı oldu. 1990´lı yıllarda Türkiye´nin Kuzey Irak´daki PKK üslerine karşı yaptığı harekât Almanya´da Türkiye´ye karşı beklenilmeyen sert bir reaksiyonun doğmasına yol açtı. O zamanki Alman dışişleri bakanı Genscher, dışişleri bakanlığı sözcüsü Hans Schumacher ve CDU milletvekili Ottfried Hennig Türkiye´ye karşı ağır suçlamalarda bulundular. Almanya somut bir reaksiyon olarak askerî yardıma ambargo koydu. Daha sonra bu ambargo kaldırılmışsa da bu, Almanya´nın Türkiye´ye karşı bir anlayış gösterdiğinden, yumuşadığından değil, bu meblağın Türkiye´deki Leopard tanklarını modernize edecek Alman firmalarına ödenecek olmasından kaynaklanıyordu. Sonraki PKK´ya karşı girişilen askerî harekâtlarda Alman silahları kullanıldığı gerekçesiyle Türkiye´ye karşı yine ambargo kondu. Bu şekilde Türkiye hiçbir Alman silahı alamayacaktı. Bu Alman tavrı Türkiye´yi oldukça sarstı. Almanya´nın bu tavrının altında sürekli başka niyetler arandı. Özellikle Alman basınına yansıyan Genscher´in beyanı Türkiye´yi endişeye sevk etti. Genscher şöyle diyordu: ??Biz Yugoslavya´da bir model oluşturduk. Bu modelin Türkiye´de Kürtler için de uygulanması mümkündür.´´ Bu sözlerin de yankısı bu gök kubbede hala yankılanmaktadır! Der Spiegel dergisinin yayımcısı Rudolf Augstein yazısında Genscher için şöyle diyordu; ?´Slovenya, Hırvatistan ve belki de Slovakya. Allaha şükür bu adam İskoçya´yı da bağımsız bir devlet yapmak istemiyor.´´ Prof. Hans Peter Schwarz Die Welt´de yayımlanan makalesinde Almanya´nın Türkiye´ye karşi güç gösterisi yaparken PKK´nın etkisinde kaldığını ve Almanya´nın porselen dükkanına girmiş bir fil gibi davrandığını yazıyordu. Prof. Schwarz makalesinde 20´nci yüzyılda Almanya´nın çok az dostu kaldığını, Türkiye´nin gerçek bir dost ülke olduğunu belirterek, Suriye´deki, Cezayir´deki ve Kuzey İrlanda´daki problemlere karşı Alman hükümetinin neden tepkisiz kaldığını soruyordu. O zamanki Türk Cumhurbaşkanı Turgut Özal Alman dış politikasını Hitler´in ruhu ile mukayese ederken o zamanki başbakan Süleyman Demirel ise bir basın konferansında şöyle diyordu; ?´Unutulmamalı ki Türkiye üzülürse Almanya da üzülür.´´ O zamanki bütün Türk tepkileri duygusaldı ve Almanya´ya karşı somut hiçbir reaksiyon gösterilmedi. 1990´lı yılların ortasında yine aynı olaylar yaşandı. Türk birliklerinin Kuzey Irak harekâtı gazetelere manşet oldu ve Alman hükümeti yine o anlamsız tedbirlerini uygulamaya koydu; Türkiye´ye çok öncelerden satışı yapılmış fırkateynlerin sevki durduruldu ? sanki Türk Genelkurmayı bu gemilerle Van Gölü´nde veya Fırat ve Dicle´nin yukarı kısmında operasyon yapacakmış gibi - ve harekâtta eski doğu Alman menşeli eski panzerler isbat olarak akrobatik bir şekilde aranmaya başlandı. Irak´a karşı konan ambargodan oluşan politik güç boşluğuna ve Zweistromland´a (Almanların askerî plan tatbikatları ve harp oyunlarında Suriye ve Irak´a beraber verdikleri ad.) karşı Türkiye´nin yasal sınırlarını koruma hakkı olduğunu meraklılar görmezden geliyorlardı. Bu ambargo üzerine Türk basınında da Almanya´ya karşı sert eleştiriler yükseldi. Bir yazar yorumunda şöyle diyordu; ?´Yaklaşık altı bin Alman firması geçtiğimiz yıl 100 ülkeye değeri 94 milyar mark olan stratejik malzeme sattılar. Silah ve mühimmat bu satışın büyük bir kısmını teşkil ediyordu. Alman politikacılar bunları satarken bu malzemelerin duvarlarda süs ve dekoratif eşya olmayacağını herhalde biliyorlardı´´ Alman medyasında PKK ile Kürtler arasında bir ayırım gözetilmediği için PKK sorunu Türk- Alman ilişkilerine artan bir yük getirmekteydi. PKK´nın eylemleri bazı Alman yazarlar tarafından romantize edilmekte ve hatta teröristler gerilla olarak tanımlanmaktaydılar. Bu yazarlar PKK tarafından binlerce günahsız sivilin hunharca katledildiğini görmezden gelmekteydiler.
